Полностью автоматическая конвертация VB6 в VB.NET существует, но на реальных проектах закрывает в лучшем случае синтаксис — бизнес-логику и работу с формами почти всегда приходится проверять и дорабатывать вручную.
Более надёжный путь — постепенная миграция модуль за модулем, начиная с тех частей системы, которые меньше всего завязаны на специфичные для VB6 компоненты вроде старых ActiveX-элементов.
На переходный период оба приложения можно держать работающими параллельно, синхронизируя данные через общую базу, пока не будут перенесены все критичные функции.